马桶的结构分为三部分，即水箱、马桶座和马桶盖，其中水箱包括浮球、补水管、溢流管、止水阀、箱体、进水圈等等结构，马桶座分为流水孔、密封圈、水封、排水管、马桶底座等构造，而马桶盖有盖板和座圈两个部件，此外马桶还有上水管和角阀等结构。

马桶的外部结构主要有两种，一种是连体式的，还有一种是分体式的，主要根据卫生间面积来选择，分体式马桶是比较传统的设计，是用螺丝、密封圈将底座、水箱二层等连接的，因此要占的空间面积较大，而且连接处容易积累污垢，而连体式马桶整体美观，是一体成型的，价格相对贵一些。

马桶有两种排污方向，即后排和下排，后排式马桶也可以称为墙排、横排，其排污口中心离地面的高度一般在180mm，下排式马桶也就是地排、竖排，其排污口在地面，而排污口离墙一般有mm、305mm、200mm这三种距离。

马桶分为直冲、虹吸这两种下水方式，其排污效果是不同的，直冲式马桶借助水的冲力直接将污物排出，所以排污口会比较大，也比较深，冲水声音也大，而虹吸式马桶是借冲洗水在排污管内形成虹吸作用将污物排出的，排污口小、使用噪音小。